Calcinaia è un comune della provincia di Pisa, sviluppatosi intorno al X secolo sulla riva sinistra dell'Arno col nome di Vico Vitri; tuttavia l'attuale denominazione è già attestata nel 1193 e deriverebbe dalle numerosi fornaci per la lavorazione della calce.
Nel Medioevo esercitano la loro signoria sul territorio prima i Cadolingi, nobili pistoiesi in cerca di fortuna sulle rive dell'Arno, poi gli Upezzinghi da Pisa, eredi di un antico casato longobardo. Nel 1555 avviene il definitivo passaggio di Calcinaia sotto il Granducato mediceo, che da tempo aveva progressivamente affermato il suo potere sul pisano e sull'importante scalo marittimo della Repubblica. Con Cosimo I de' Medici vengono avviati numerosi lavori per arginare le alluvioni dell'Arno.
Ricostruzione settecentesca di un'antica chiesa già menzionata in una bolla papale del 1193, la chiesa di San Giovanni Battista conserva importanti opere d'arte come il Seicentesco coro ligneo, due statue della scuola di Andrea Della Robbia ed un affresco di epoca recente del pittore Fornaini.
Interessanti sono anche la Chiesa della Compagnia del Crocifisso (XVIII secolo), la Chiesa di Sant'Andrea in Pozzala, risalente al XIII secolo e completamente ristrutturata nel XVIII secolo, la Torre della Famiglia Upezzinghi e la Villa di Montecchio, già castello, poi monastero-fattoria della Certosa di Calci ed infine proprietà privata.